From:
http://www.melegnano.net/cognomi/cognomi0011en.htm
Presente in tutto il centro nord, potrebbe derivare da toponimi come Merlino (LO) o dal nome medioevale italiano Merlino.
Translated:
Present in the whole central north, could derive from placenames like Merlino (LO) or from the medieval Italian name Merlino.
Thus either from placenames or meaning "son of Merlino".